治疗双相情感障碍时，中西医治疗存在以下区别：

第一，理论基础不同。中医治疗基于七情伤理论，认为情志活动过度或不及会导致气血失调、脏腑功能紊乱。而西医则侧重于神经生化、神经内分泌及心理社会因素等，认为双相情感障碍与这些因素密切相关。

第二，治疗方法不同。中医治疗主要采用中药、针灸、推拿及心理疏导等方法，旨在调理气血、脏腑功能和情志状态。西医则主要采用药物治疗（如心境稳定剂、抗精神病药物等）、物理治疗（如电抽搐治疗）及心理治疗等，通过调节神经递质和改善心理状态来达到治疗目的。

综上所述，中西医在治疗双相情感障碍时各有侧重，患者应根据自身情况和医生建议选择合适的治疗方法。