肾小管有两个基本功能，即重吸收功能（将物质从肾小管管腔转运到血液中）和分泌功能（将物质从血液转运到肾小管管腔内）。

肾单位有不同的功能区，藉此维持体内的正常生理平衡。肾小管也同样如此，分段以不同的转运机制对特定物质进行重吸收和分泌（入/出）。

近曲小管负责重吸收60%的肾小球超滤液。

它重吸收滤液中65%的钠、钾和钙；80%的磷、水和碳酸氢盐；100%的糖和氨基酸。近曲小管还负责分泌多种因分子量太大而不能从肾小球滤过的药物和毒性物质或蛋白复合物。

Henle袢接收40%未被近曲小管重吸收的超滤液。主要功能是重吸收25-30%的钠。

远端小管主要功能是钠和钙的重吸收，也具有分泌氢和钾的能力。

集合管会根据饮食摄入的变化对超滤液的性质进行最后的定性改变。

经过肾小管对特定物质的滤出和滤入，达到了精准调控水电解质和酸碱平衡的目的。