1、因脚气真菌导致的重复感染。灰指甲和脚气一样是真菌感染导致的，两者会相互感染。如果只治疗灰指甲而弃脚气不顾，后期手足部真菌传染极可能导致指甲二度“染灰”。

2、指甲特殊的致密性和坚硬性，让一般外用药物难以渗透杀灭真菌，本来起阻挡真菌的指甲反而给病原真菌的繁殖提供了天然屏障，给真菌寄生提供温床。

3、真菌的多样性和复杂性。能够导致灰指甲的真菌大致有皮肤癣菌、致病性酵母菌和皮肤癣菌以外的丝状霉菌等。

4、真菌对药物不敏感，处于休眠状态的病原真菌体对一般药物无反应，且真菌休眠潜伏期较长。一旦停止用药，气温湿度等环境合适，真菌孢子便会重新复苏。

5、许多人看见灰指甲好了就停止用药，实际上真菌生命力极其顽强，并未杀灭干净，这部分真菌在合适的时间会再次滋生，导致久治不愈。

提高免疫力方面是关键。因为当免疫力低下时，指甲遇到真菌，抵抗力差，就容易导致灰指甲，因此可多吃提高免疫力的食物，加强运动。