由于特定波长的激光能通过表皮及真皮层到达病变的色素组织，只对色素颗粒发挥作用，皮肤的表皮基本没有损伤，因此不会在皮肤上留下疤痕。

不同波长的激光，能选择性地被皮内的色素(可为黑色、蓝色、绿色、褐色、红色、棕色、黄色等)所吸收。

好比晚上用电筒隔着玻璃窗照射屋内的东西，玻璃没有任何损伤，也就是说，激光祛斑是在皮肤内部做的治疗。再者，激光束面积小，并以极短时间通过皮肤，对表皮的热损小，这也是不留疤痕的原因。